Zwei的舞台是TV动画完结时一年之后。　　爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，必须继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。　　某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天而降，万一坠落的话，风花王国及邻近的国家将会无一幸免，Meister们要携手对抗这陨石！然而，这只是新的物语开启的序章，行星エアル有史以来最大危机于焉开幕！

鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到岸，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待

14岁的爱莉卡·梦宫为了寻找母亲的下落来到了大都市。在那里有着一群被称作“乙HiME”的女性，她们专门为王族或政治家等掌权者提供帮助，成为他们的参谋，是华丽而优雅的社交之花，全世界少女的憧憬。有香被乙HiME们活跃的身影打动，决定成为在最高点的“舞乙HiME”的一员。曾经孕育了许多“乙HiME”的伽尔德洛偑学院，是无数少女们寄托了梦想的所在，有香加入了想要努力争取进入这所学院的行列之中，并与少女妮娜等人相识。在萦绕着友情与恋情的竞争中，几位少女们渐渐成长着。

　　这是一场被加尔德罗贝封印的战争。讲述风华王家之秘，和爱莉卡的母亲＝雷娜·塞亚斯的故事。　　憧憬着乙HiME的少女＝西弗尔。某一天，魔手袭击了在无依无靠的同时仍坚强生存着的她。谜之组织「希巴鲁兹」们拐走了西弗尔。在危急时刻，将她救出的是黑衣绅士＝布鲁斯，他的女仆(?)＝蕾娜，紫苑修女和她的乙HiME＝Meister拉凯尔，以及五柱·一之柱=艾利奥特。　　少女西弗尔之谜。　　拥有乙HiME力量却将其拒绝的蕾娜。　　加尔德罗贝之谜。　　五柱的背叛。　　现在，正是先代乙HiME觉醒之时。　　标题中的“S.if