真央等人毕业后的春假，以及随后樱花绽放的季节。在差不多该开始新学期的时候，京夜又一次被塞入了袋子里。而当他从袋子里爬出来时，发现自己来到了一个同GJ部活动室一模一样的房间。但京夜从窗户看到的景色，居然是纽约！

升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，成天在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。

故事背景设定在《天才麻将少女》本篇第二主角原村和曾生活的奈良县，主角校为阿知贺女子学院。 原村和在初中阶段曾经在阿知贺女子学院读书，由于人数不足，麻将部一度处于废部的境地，而麻将部的活动室则被当做当地儿童麻将活动室，今年由于人数足够，麻将部重新开始活动，围绕原村和展开的麻将竞技故事由此开始。