故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。

有人说，世间是一个大苦海，人在海中，肉身是船，魂是船里的人，驶向彼岸。春秋鼎盛的大乾王朝国运昌盛、四海宾服，然而强盛的表面之下暗流已然涌动，远敌近邻虎视眈眈，八大妖仙蠢蠢欲动，武温侯洪玄机权倾朝野，太上道主梦神机监察天下。在这样一个大争之世里，少年书生洪易向着世道，发出了第一声质问。洪易是当朝第一权臣洪玄机与太上道上代圣女梦冰云之子。幼年丧母，身为庶子，处处受人欺压，但是这不能阻挡洪易求学之心。机缘巧合之下，洪易踏上无比艰险的武道双修之路，在命运的压迫下奋起反抗，挫败了重重强敌，成为一代传奇。